Organami Fundacji są Rada Fundacji i Zarząd. Rada Fundacji składa się z fundatorów i członków Europejskiego Stowarzyszenia Ekonomistów Środowiska i Zasobów Naturalnych – Oddział Polski. Kadencja Rady jest nieograniczona. Rada działa na podstawie uchwalonego przez siebie regulaminu.
W skład Rady Fundacji wchodzą:
- dr inż. Maciej Cygler – przewodniczący
- Prof. dr hab. Tadeusz Borys
- Prof. dr hab. inż. Rafał Miłaszewski
- Prof. dr hab. Bazyli Poskrobko
- Prof. dr hab. Stanisław Czaja
- dr inż. Joanna Godlewska
Zarząd Fundacji tworzą:
- dr hab. inż. Elżbieta Broniewicz, prof. PB – prezes
- dr inż. Karolina Ogrodnik – wiceprezes
- mgr Halina Tokajuk – skarbnik
Dnia 2 października 2020 r. zginął tragicznie Andrzej Demianowicz – współzałożyciel i wieloletni prezes Fundacji EŚiZN.